研究所相继建有国家农业生物安全科学中心山东分中心、国家天敌昆虫科技创新联盟、农业农村部天敌昆虫重点实验室、农业农村部农业转基因生物安全评价（环境）重点实验室、国家农业科学东营观测实验站、农业农村部（济南）作物有害生物科学观测实验站、农业农村部泰安生物育种科研试验基地、农业农村部农作物生态环境安全监督检验测试中心（济南）、农业农村部-CABI生物安全联合实验室山东分中心、山东省植物病毒学重点实验室、山东省病虫害生物防治工程技术研究中心等多个国家和省部级科研平台。